Tras la etapa de restauración y mejora del patrimonio llevada a cabo en los años 40, el objetivo de la Agrupación sería en los años siguientes no solo mantener lo conseguido, sino iniciar una etapa de crecimiento. Con este fin, se inició la formación de nuevas tercios que permitieran dar cabida al gran número de niños y jóvenes que guardaban espera para salir en la Agrupación y de esta manera asegurar la continuidad del espíritu sanjuanista, con un aprendizaje iniciado desde la infancia.
En el mes de Mayo de 1951, Julio Ortuño y Jerónimo Martínez, concibieron la idea de crear una Agrupación Infantil Sanjuanista para formar parte en la procesión del domingo de Ramos, denominada de “Nuestro Padre Jesús en la Entrada de Jerusalén”, vulgarmente conocida como de la “burrica” o “de las palmas”. Hasta entonces, en ésta procesión salían jóvenes mayores pertenecientes a las distintas agrupaciones pasionarias, que desfilaban sin el orden ni el paso procesional que iniciaron después los niños sanjuanistas.
Como refiere Luis Linares, “la primera procesión del Domingo de Ramos se realizó en el año 1943 y en ella, salimos todos los cofrades mayores, ataviados con las túnicas de los respectivos tercios en los que tomábamos parte, con un turbante que proporcionó la Cofradía y portando la clásica palma. Al año siguiente nos fuimos retirando los mayores y la procesión, al final, quedó solamente para los niños”.
Tras ser aprobado en Cabildo de Mesa por la Cofradía , se iniciaron los preparativos para la formación del nuevo tercio infantil, así como el vestuario correspondiente. Se confeccionaron 43 túnicas blancas con sus respectivos mantos y fajines encarnados; turbante blanco y encarnado con una borlita; calcetines, guantes blanco y sandalias doradas.
La primera reunión y ensayo se inició en el mes de Enero de 1952, en el Almacén de la Cofradía de “Villa Pilatos”. Carlos Vilar, Cristóbal Montoro, Emilio Ortuño y Luis Linares, fueron designados por Julio Ortuño para formar y adiestrar el tercio infantil. Pero, como Carlos Vilar Fernández, fue el que más interés demostró en la enseñanza de los futuros “sanjuanistas”, la Junta Directiva decidió nombrarle Presidente de la nueva Agrupación Infantil de San Juan.
Los ensayos siguientes se realizaron los Domingos en el campo de fútbol del “Cartagena F. C”, detrás de las gradas y en la escuela Hogar de la Milagrosa. Posteriormente y hasta su desaparición, se efectuaron en las dependencias del Parque de Artillería, actualmente calle de San Juan.
El 6 de abril, Domingo de Ramos, de 1952, efectuó su primer desfile procesional el nuevo tercio de los pequeños sanjuanistas, precediendo a la Mesa de la Cofradía y al trono de Nuestro Padre Jesús en la entrada a Jerusalén. El grupo escultórico inicial era obra del imaginero murciano, fiel seguidor de la estética salzillesca, Francisco Sánchez Araciel y restaurado por Nicolás Martínez Ramón, que fue también el encargado de realizar la burra y el pollino que acompañaban a Cristo. 
Constaba el grupo de tres figuras: Jesús en la borriquillo, una hebrea que arrodillada extiende su manto al paso de aquel y un hebreo con una rama de olivo en las manos, detrás de Cristo. Estas esculturas, formaron parte de la procesión del Domingo de Ramos hasta 1969. Al año siguiente fueron sustituidas por las actuales, talladas, a excepción del Cristo que es de Benlliure (1947) por José Sánchez Lozano .
A la salida del trono de Jesús en la Entrada de Jerusalén, todos los años se efectuaba una suelta de palomas pertenecientes por parte de la Sociedad Colombófila “Eureka”. La Agrupación recibió numerosas felicitaciones por la manifiesta disciplina y bien desfilar de los pequeños sanjuanistas. A partir de ese año, el resto de agrupaciones de nuestra Cofradía se animaron a la creación de sus tercios infantiles. Y hoy podemos decir que prácticamente todas las agrupaciones que desfilan en nuestro Miércoles Santo, tienen constituidas agrupaciones, tercios infantiles que vienen desfilando en la tarde del Domingo de Ramos.
En 1958 el tercio infantil de San Juan, estrenó nuevo vestuario, cambiando los colores blanco y encarnado, por otro vestuario todo de blanco, compuesto por: túnica de lana con galón dorado guarneciendo mangas y cuello, manto de raso con un galón dorado, cíngulo de oro y turbante de raso blanco y oro, chanclas de cuero vuelto. El vestuario primitivo pasó al otro tercio que se constituyó ese mismo año denominado “Discípulo Amado”.
Este tercio del “Discípulo Amado” se creó con el objeto de poder dar entrada a los numerosos niños que solicitaban su ingreso y aprovechar el vestuario anterior blanco y encarnado del tercio de Domingo de Ramos. Inicialmente este tercio estuvo compuesto por niños internos de la Casa de Misericordia, realizando los ensayos en el mismo patio de su colegio Escuela Hogar La Milagrosa, frente a donde hoy está instalado el Rectorado de la Universidad Politécnica, en la calle de San Diego.
Los niños de la casa de Misericordia con el paso de los años dejaron de salir, por lo que fueron ingresando nuevos niños. Años más tarde, éste tercio se convirtió en mixto, con niños y niñas de 4 a 8 años, hasta que en 1977, se creó el Tercio infantil de “San Juan en el Juicio de Jesús”, sólo para niñas.
Debido a que cada año era mayor la solicitud de niñas para salir en la procesión infantil del Domingo de Ramos, la Agrupación decidió fundar en 1977, un tercio infantil femenino. Fue el segundo tercio de estas características en salir el Domingo de Ramos, ya que con anterioridad, desde 1954 a 1961 estuvo saliendo en esta procesión un tercio femenino de la Agrupación de la Cena .
El vestuario estaba compuesto por: Túnica blanca, velo de tul blanco con detalles dorados, un original fajín de raso blanco con flecos en oro, calcetín blanco y sandalias doradas. Los primeros ensayos los realizaron con los otros tercios infantiles de San Juan en la explanada del Parque de Artillería.
En 1991 se confeccionó un nuevo vestuario para el tercio infantil femenino del Juicio de Jesús, compuesto de túnica de tergal de color blanco, manto de raso blanco, fajín de raso verde con escudo en tisú de oro, manguitos de raso verde y sandalias doradas. En la Semana Santa del 2010 se volvió a renovar incorporando los colores verdes y blanco roto.
Con los tres tercios infantiles, la Agrupación de San Juan tiene asegurada la cantera, pasando los niños posteriormente al tercio de “La Vuelta del Calvario” en donde permanecen hasta ocupar los puestos vacantes del tercio titular de Martes y Miércoles Santo y las niñas al tercio de “San Juan en el Juicio de Jesús” que procesiona las noches de Miércoles Santo.
